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Tech Notes

Evaluation de kits commerciaux dits « Fast » dédiés aux analyses de qPCR 16S

La PCR quantitative ciblant le gène de l’ADNr 16S est une méthode fiable de quantification de l’abondance des communautés microbiennes (bactéries et archées). Or, de nouveaux kits commerciaux dits « Fast » permettent désormais de réaliser ces quantifications plus rapidement (environ 40-60 minutes par run contre 120-140 minutes avec les kits classiques). Les tests réalisés ont pour but d’évaluer ces kits « Fast » de plusieurs fournisseurs et de valider celui répondant à un maximum de critères déterminés (résultats cohérents, coût, praticité, reproductibilité, contact fournisseur, etc…).

Optimisation de l’étape de lyse mécanique du protocole d’extraction d’ADN des sols

L’extraction d’ADN des sols est une étape critique dans l’étude des communautés microbiennes. Il est indispensable que cette dernière soit la plus efficace en termes de rendement d’ADN extrait, mais aussi de reproductibilité d’une extraction à l’autre. L’optimisation décrite ici se découpe en deux étapes principales : (i) l’évaluation de deux appareils dédiés : le FastPrep-24® et le Mikro-Dismembrator S ; (ii) l’optimisation de la matrice de billes utilisée lors de cette étape de lyse. L’impact de ces différentes optimisations ont été déterminés par : la mesure de la biomasse moléculaire microbienne, des mesures d’abondance par qPCR 16S, et la détermination de la structure des communautés bactériennes par B-ARISA.