Exploring the microbial world To better protect our environment

Services

  • Conservatoire
    Centre de Ressources Génétiques (CRG) national sur les sols (unique en Europe) qui a pour but de stocker et conserver les ressources génétiques (ADN) et de les mettre à disposition de la communauté scientifique.

    Les échantillons de sols conservés proviennent en majorité de réseaux de surveillance et d'observations des sols (nationaux et européens), de sites expérimentaux pérennes (INRA, CNRS, IRD, Institut technique agricole…) et de réseaux d’exploitations agricoles. Tous ces sites sont impliqués dans des questionnements en lien avec l’évaluation environnementale des modes d’usage des sols et la plateforme GenoSol constitue une logistique stratégique pour renforcer les systèmes d’observation de la biodiversité tellurique dans ces dispositifs. A ce jour plus de 8 500 sols sont stockés dans le CRG et 1500 nouveaux sols sont en prévision d’acquisition pour les deux années à venir.

  • Laboratoire d'Analyses et de Développement Moléculaires
    Le LADM analyse au niveau moléculaire les sols issus du conservatoire de ressources Génétiques et de prélèvements effectués par les partenaires de la plateforme. Il travaille au développement de nouvelles techniques et entreprend une veille technologique sur les méthodes d’extraction des acides nucléiques des sols et de l’environnement et les outils de caractérisation des ressources génétiques microbiennes (génotypage, séquençage massif, métagénome…). Le LADM travaille au sein de nouveaux locaux (financement AnaEE-France et Région Bourgogne).

    Cette plateforme permet d’améliorer la standardisation des procédures et des outils moléculaires avec des objectifs de normalisation (AFNOR et ISO). Un partenariat avec le Genoscope a été obtenu en 2010 et permet de développer les techniques de séquençage haut débit pour aborder la diversité microbienne des sols.

  • Système d’information environnemental
    Le Système d’Information Environnemental (SIE) est centré sur le développement de la base de données «MicroSol-database©».

    Cette base permet d’une part de gérer le CRG et la traçabilité de ses échantillons et, d’autre part de stocker et d’analyser les données de caractérisation génétique des sols (taxonomique, fonctionnelle). Cette base de données constitue aujourd’hui le premier référentiel sur la biodiversité microbienne de sols.

  • Soumission de projet
    La plateforme GenoSol va utiliser un portail de soumission de projet développé dans le cadre de l'infrastructure AnaEE-France. A l'heure actuelle, les demandes sont à envoyées aux coordonnées indiquées dans la page Contact.

    Coming soon