Exploring the microbial world To better protect our environment

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Projet ISITE - "Agroécologie en BFC" (2017-2020)

Les pouvoirs publics promeuvent la transition de l’agriculture vers l’agroécologie, en faisant l’hypothèse que la moindre anthropisation des milieux et la valorisation des processus biologiques et écologiques (liés à la biodiversité) permettront de mieux concilier le respect de l’environnement, la préservation de la santé publique et le maintien d’un secteur agricole dynamique et économiquement performant. Mais il existe une diversité de systèmes agroécologiques, à la fois parce que les systèmes doivent être adaptés à la diversité des contextes de production, et à la fois parce qu’ils se distinguent par le niveau de recours aux processus biologiques. Les objectifs du projet sont d’évaluer si des systèmes relevant de l’agroécologie permettraient de concilier les différentes composantes de la durabilité. Le projet repose sur trois volets :

1/ Mise en place d’un « point chaud » en agroécologie sous la forme d’une expérimentation systémique menée à l’échelle d’un petit paysage. L’expérimentation, conçue sur l’unité expérimentale INRA du domaine d’Epoisses à Bretenière, en co-conception avec les partenaires régionaux, visera à explorer une agroécologie « totale » maximisant le recours aux processus écologiques. La phase de transition et la mise en place progressive de nouveaux équilibres écologiques seront particulièrement observées. L’ambition est d’atteindre une performance économique équivalente aux systèmes voisins plus dépendants des intrants exogènes à un horizon de 10 ans.

2/ Suivi d’un réseau régional d’expérimentations relevant de l’agroécologie composé de différents partenaires : INRA, lycées agricoles, Chambre régionale d’agriculture, plateformes Artémis, Chambre d’agriculture de Côte d’Or, Dijon Métropole. L’objectif de ce réseau régional est de partager des méthodes d’évaluation des performances sur les plans techniques, économiques, écologiques et environnementaux. Une attention particulière sera donnée aux critères de qualité des produits, source potentielle de valorisation économique des produits issus de l’agroécologie. Les données seront partagées en vue d’une analyse transversale permettant d’identifier les combinaisons techniques les mieux à même de favoriser la multi-performance des systèmes agricoles.

3/ Etude des facteurs socio-économiques de succès de l’agroécologie en Bourgogne Franche-Comté, intégrant le point de vue des agriculteurs sur l’impact sur leur métier, le point de vue des filières sur l’impact en termes d’organisation, commercialisation, et le point de vue des consommateurs sur leur perception de la qualité des produits issus de conduites agroécologiques.

 

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Holoviti (2018-2022)

La plateforme GenoSol est impliquée dans le projet Holoviti coordonnée par Pierre-Emmanuel Courty et Sophie Trouvelot.

Le but est l'identification de bio-indicateurs le long du continuum sol-racines-parties aériennes dans un contexte de dépérissement

La plateforme est impliquée principalement dans l'Action 1 : Etude de la composition et de l’activité du microbiome de la vigne du sol aux feuilles et caractérisation de l’holobionte

 

Mots clés : sol, holobionte, microbiome, marqueurs fonctionnes, diagnostic sanitaire 

Plus d'informations

https://www.plan-deperissement-vigne.fr/travaux-de-recherche/programmes-de-recherche/holoviti

Projet d'Etat Polynesie Francaise - Effets de pratiques agricoles sur des relations multitrophiques dans les systèmes de productions maraîchères (2011 - 2014)

Ce projet de recherche agro-écologique est présenté par le Département de la Recherche Agronomique du Service du Développement Rural de Polynésie Française en collaboration avec l’UMR Agroécologie et la plateorme GenoSol de l'INRA de Dijon (écologie des communautés microbiennes des sols), l’UMR IGEPP - INRA/Université de Rennes (entomologie, chimie des plantes, lutte biologique) et l’UMR LAE - Université de Lorraine/INRA de Nancy (écophysiologie végétale, phytochimie du métabolisme secondaire).

Il s’inscrit dans le cadre du développement d’une agriculture durable en Polynésie française où il existe une volonté des pouvoirs publics de favoriser le développement d’une agriculture plus respectueuse de l’environnement, notamment par la réduction des intrants (fertilisants et pesticides), afin de réduire la pollution, les risques pour la santé humaine et les impacts négatifs de l’agriculture sur la biodiversité. 

 

Le projet s’intéresse à la fertilité des sols dans les systèmes de culture maraîchère (choux, tomates), son maintien, ses améliorations au travers des pratiques culturales. L’approche pluridisciplinaire nous permet de mesurer les interactions entre les modifications du compartiment souterrain et aérien. L’hypothèse posée est que les pratiques agronomiques vont modifier la diversité des communautés microbiennes dans le sol notamment celles qui interagissent avec la plante au niveau de la rhizosphère. Ces changements de diversité sont accompagnés de modifications d’activité au niveau de la rhizosphère qui peuvent modifier, au niveau des parties aériennes, les relations tritrophiques plante-ravageurs-auxiliaires et donc participer à la protection des plantes. 

 

Deux échelles expérimentales complémentaires sont proposées :  

- à l’échelle de la plante en pot en conditions contrôlées (abris de culture), l’étude s’intéresse aux mécanismes physiologiques des interactions : étude comportementale des insectes et mesure des composés de défense (volatils ou non) induits par les phytophages chez les plantes (dont CVI = composés volatils induits ou HIPV = herbivore-induced plant volatiles).

- à l’échelle de la parcelle sur un suivi longue durée (supérieur à 5 ans),l'étude porte sur les interactions en termes de peuplement et de dynamique des populations de ravageurs et d’auxiliaires. 

 

Programme BioIndicateurs - ADEME (2009 - 2012)

Les objectifs généraux du programme BioIndicateurs de l'ADEME sont de fournir aux secteurs économiques et aux acteurs publics de nouveaux outils de surveillance, de caractérisation et d'évaluation des risques basés sur les propriétés biologiques du sol.


L'ADEME étant notamment missionnée sur la prévention de la pollution des sols, la gestion des sites et sols pollués et l'évaluation des impacts environnementaux liés aux retombées atmosphériques et à la gestion biologique des déchets, elle souhaite promouvoir le développement de bioindicateurs destinés à :
(a) la surveillance de la qualité des sols pour laquelle des bioindicateurs simples à mesurer, peu chers et répétables sont nécessaires.
(b) la caractérisation approfondie de l'état biologique des sols pour laquelle des techniques plus complexes pourront être mises en oeœuvre. 
(c) l'évaluation détaillée des risques pour les écosystèmes sur les sites pollués pour laquelle une méthodologie plus complète est nécessaire notamment afin de relier les effets observés à des niveaux d'exposition. 

 

Le programme a été séquencé en 2 phases : une première phase de développement et une seconde de validation des indicateurs.
- La première phase, initiée suite à l'appel à projets lancé en 2004 (présenté pour information en CNA le 22 juin 2004, annexe I), a pris fin en 2008. L'objectif spécifique de cette phase était d'évaluer différents bioindicateurs existants et de favoriser l'émergence de nouveau bioindicateurs. Ainsi, cette première phase a réunit 37 équipes, impliquées dans 19 projets (6 projets retenus dans le cadre de l'appel à projets 2004, 5 thèses cofinancées par l'ADEME et 8 projets rattachés par la suite1) (annexe II). Plus de 80 indicateurs biologiques ont été évalués (de l'état cellulaire jusqu'aux populations), sur des végétaux, des animaux et des microorganismes.
- La seconde phase, démarrée en 2009, a pour objectif de tester un ensemble de bioindicateurs jugés les plus pertinents et les plus opérationnels sur un nombre défini de sites ateliers, choisis en fonction des thématiques couvertes par l'ADEME (ex : épandage de déchets, sites contaminés, retombées atmosphériques, gestion de la matière organique, pollution diffuse des sols par les pratiques agricoles).