RESSOURCES GENETIQUES...

Ressources génétiques et génomiques

Développement des ressources génétiques

Une collection représentative de la variabilité génétique naturelle, ainsi qu'une collection de mutants induits des espèces pois et Mtr étudiées dans notre projet, représentent un pilier important et stratégique pour nos actions d'analyse génomique, de validation de gènes candidats, et d'innovation végétale. Pour Mtr, la collection d'écotypes est gérée à l'INRA de Montpellier (J.M. Prospéri) et celle de mutants est gérée à l'UMR-LEG, l'ensemble constituant pour la communauté scientifique le CRB Medicago.
Le groupe protéagineux du Département GAP a choisi Dijon pour héberger à long terme une structure de CRB les importantes collections de l'INRA de pois-féveroles-lupins et les diffuse. Cette structure fonctionnera sous l'égide du BRG (Bureau de Ressources Génétiques) avec le partenariat du GEVES et des sélectionneurs privés.

Vous pouvez accéder aux ressources génétiques publiques de l'UMR LEG depuis

Production de plantes M2 Tilling

1 Tilling de Medicago truncatula et de pois

Reponsables : C. Le Signor, R. Thompson
Collaboration : INRA-URGV Evry, INRA Montpellier, JIC Norwich

Depuis 2002, l’unité s’est engagée dans la production d’une ressource TILLING chez M. truncatula, ressource disponible pour la communauté scientifique. Ce programme est soutenu par la région Bourgogne et par le projet européen FP6 « Grain legumes ». En 2002, une première mutagenèse a conduit à la production de 500 plantes M1, à partir desquelles 4500 plantes M2 ont été récoltées. Cette première population est structurée en familles d’environ 10 plantes M2 par individu M1. Pour élargir la base de la population de mutants M1, nous avons initié une deuxième mutagenèse qui a conduit à la production de 4500 M1. 4000 nouvelles M2 seront produites en 2005 par SSD (Single Seed Descent) à partir des 4000 nouvelles M1 afin d’éviter une redondance à l’intérieur de cette seconde population M2 (projet « grain legumes » GLIP).

Dans le cadre de ce même projet européen, nous avons initié une ressource Tilling chez le Pois. En 2004, les tests préliminaires ont permis de choisir la dose optimale et un premier traitement EMS a été réalisé. 1400 plantes M2 ont été produites par SSD ; l’objectif étant de produire 4000 M2 à partir de 4000 M1 d’ici 2006. Le projet fait partie d'une collaboration avec l'Unité de Recherche en Génomique Végétale de l'INRA d'Evry ou la plupart des criblages moléculaires seront réalisés.

Le criblage TILLING a été mis en place sur la première population M. truncatula disponible . Sur chaque individu M2, un échantillon foliaire a été prélevé à partir duquel la collection d’ADN de la population 1 a été extraite (été 2003). Le criblage d’un gène de séquence connu consiste à rechercher des mutations ponctuelles sur un fragment d’environ 1kb amplifié par PCR avec des amorces fluorescentes. Par dénaturation et renaturation lente, la formation d’hétéroduplexes (appariement d’un fragment sauvage avec un fragment portant une mutation ponctuelle) est générée. Une endonucléase extraite du Céleri (Cel1) coupe spécifiquement les hétéroduplexes au site muté. Les fragments coupés sont enfin séparés sur gel d’acrylamide et le polymorphisme est visualisé par fluorescence. La mise au point du protocole de criblage est conduite sur différents fragments d’ADN (de M. truncatula et de pois) présentant du polymorphisme de type SNP connu. Depuis septembre 2003, l’acquisition, sur la plateforme Sercobio de Dijon, d’un appareil de type Li-Cor à double laser nous permet d’expérimenter les possibilités de pooling d’individus M2. Depuis décembre 2004, nous avons un appareil de type Li-cor sur le site (financement Région Bourgogne- DGAP-SPE-EA) et 5 criblages ont été menés à terme validant la méthode et l’efficacité de la mutagénèse.

Recent Publications

Dalmais, M., Schmidt, J., Le Signor, C., Moussy, F., Burstin, J., Savois, V., Aubert, G., Brunaud, V., de Oliveira, Y., Guichard, C., Thompson, R. and Bendahmane, A.: UTILLdb, a Pisum sativum in silico forward and reverse genetics tool. Genome Biology 9 (2008) R43.

Diversité de graines (taille, couleur) dans le genre Vicia faba